L'attuale territorio di Loiri Porto San Paolo risulta abitato da tempi molto antichi. Già in età medievale erano presenti alcune comunità, come testimonia la chiesa presente in località S.Giusta, che era importante sede di culto del Gudicato di Gallura.

In epoca feudale, durante la dominazione aragonese e spagnola, il territorio era parte di un esteso feudo detto encontrada di Gallura, di cui costituiva l'estrema propaggine sud-orientale. Era classificato come "salto". Con questo termine si intendevano alcune aree selvagge e boscose all'interno di un feudo, territori in genere usati per la raccolta di legna e per il pascolo del bestiame suino (a causa della presenza di numerosi alberi ghiandiferi), o periodicamente affittati a pastori transumanti.

In decenni recenti, invece, lo stesso territorio di costa ha riscosso particolare successo come centro di villeggiatura, il che ha portato a un intenso sviluppo urbanistico.